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转录组与代谢组

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> 技术简介

        转录组测序的研究对象为特定细胞在某一功能状态下所能转录出来的所有RNA的总和,主要包括mRNA和非编码RNA,代表了基因表达的中间状态。转录组测序可以对所有转录物进行分类、确定基因的转录结构、量化转录物的表达水平。代谢物是生物体在内外调控下基因转录的最终结果,更接近生物体的表型,可以告诉我们生物机体已经或正在发生的变化。将转录组与代谢组数据联合分析可以从原因和结果两个层次对生物体的内在变化进行分析,建立不同层次分子间数据的关系,鉴定关键基因靶点、代谢物及代谢通路,构建核心调控网络,有助于全面解析生物分子功能和调控机制。

> 分析策略

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> 研究案例

        Yang K, Xia B, et al., Cancer. Sci Rep. 2017, 22;7:43353.

> 研究背景

       宫颈癌 (CC) 是全球最常见的妇科恶性肿瘤之一,在发展中国家尤为普遍。宫颈癌的筛查和早期诊断对预后至关重要。本研究利用宫颈癌患者及正常对照者的血清样本进行了代谢组学和转录组学研究。

> 研究思路

> 研究结果

        研究对代谢组学(285个样本)和转录组学(52个样本)进行了全面分析。CC和正常对照 (NOR) 之间有 62 种代谢物存在差异,其中5种代谢物(胆红素、LysoPC(17:0)、n-油酰苏氨酸、12-羟基十二烷酸和二十四碳六烯酸)被选为 CC 的候选生物标志物。这5个生物标志物的AUC值、敏感性(SE)和特异性(SP)分别为0.99、0.98和0.99。研究进一步分析7个富集途径中的117个差异表达基因,其中大多数基因(91,77.78%)具有催化活性。最后,在这些途径中建立了一个代谢物和基因网络,这有助于提高候选代谢物的可信度。

 

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