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宏蛋白组

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> 技术简介

        宏蛋白质组是应用蛋白组学技术对微生物群落进行研究的一项技术,在特定时间对微生物群落的所有蛋白质的组成进行大规模的研究,可以进行微生物群落的一致性、活性和功能分析,可以提供宏基因组无法提供的信息,目前还处于起步阶段。

> 技术优势

高通量

高深度

项目经验丰富

超优售后支持

> 技术路线

 

 

> 应用领域

        生物标志物筛选、疾病机制研究、药物作用靶点研究、用药及预后研究、肠道菌群与疾病关系研究、病原体-宿主相互作用研究、耐药性研究等。

> 实验仪器

Orbitrap Exploris™ 480(Thermo Fisher)

Orbitrap Exploris™ 240(Thermo Fisher)

Orbitrap Fusion™ Lumos™ Tribrid™(Thermo Fisher)

Q Exactive HF-X(Thermo Fisher)

Orbitrap Fusion™ Tribrid™(Thermo Fisher)

> 数据分析

        数据质控结果;蛋白定性定量结果;蛋白差异分析;火山图(Volcano);表达丰度箱式图;平行样本相关性分析;主成分分析(PCA);层次聚类分析(Heatmap);表达模式聚类分析;数据交叠分析(Venn);差异蛋白GO功能注释及富集分析;差异蛋白Pathway功能注释及富集分析;蛋白互作网络构建;个性化定制分析

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> 研究案例

        Van Den Bossche T, Kunath BJ, et al., Nat Commun. 2021, 15;12(1):7305.

> 研究背景

        微生物群落可形成复杂的相互作用,对于人类、动物和植物的健康发展和维持至关重要。要充分了解微生物群落及其与环境的相互作用,不仅需要了解所涉及的微生物组成,还需要了解它们在细胞和群落水平上的代谢功能。蛋白质是生命功能的直接执行者,宏蛋白质组学是研究微生物组功能的有力工具,目前已有多种工作流程被报道和应用,但这些不同的方法对研究结果的影响尚不清楚。

> 研究路线

> 研究结果

        研究对不同实验室的宏蛋白质组学研究方法进行了大规模比较,结果表明样本的宏组学数据库具有更好的表现,多肽水平的差异主要是由不同的样本处理流程造成的,尽管不同实验流程所预测的群落组成有所不同,但其功能谱相似。该研究表明宏蛋白质组学研究有较好的稳健性,并为宏蛋白质组学方法的标准化和其发展奠定了基础。

 

 

        微生物(细菌、真菌、菌体等):>300 mg

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